A estimulação magnética transcraniana (EMT) é um método não invasivo capaz de estimular as células cerebrais através de pulsos magnéticos. Os pulsos magnéticos induzem pequenas correntes elétricas, potencial de ação, nos neurônios. Quando isso é realizado de maneira repetitiva consegue-se alterar os padrões de comunicação dos neurônios, ou seja, consegue-se produzir mudanças nos neuro circuitos cerebrais.

A hipótese atual que sustenta o uso da EMT presume que há alterações na conexão entre regiões límbicas relacionadas com os sentimentos e humor (ex.: hipocampo,  amígdala) e o córtex pré-frontal. Estudos de imagem realizados em pacientes deprimidos demonstram que há diminuição da atividade cerebral nas área envolvidas na regulação de comportamentos consistentemente associados com depressão (ex.: alteração do apetite, alterações no ciclo sono vigília, diminuição da energia).

Uma das explicações do porque a EMT funciona postula que a despolarização dos neurônios corticais através dos pulsos elétricos leva temporariamente ao aumento do fluxo sanguíneo e do metabolismo na área cerebral em que os pulsos magnéticos são direcionados. Além disso, a EMT modula a maneira pela qual os neurônios se comunicam.

O objetivo de realizar a estimulação magnética com pulsos magnéticos repetidos é promover a sincronização dos neurônios. E, quando os neurônios disparam juntos ao longo do tempo eles tendem a disparar de uma maneira mais saudável o que se acredita ser o responsável pelos efeitos terapêuticos positivos.

As pesquisas mostram que após as sessões de EMT os neurônios mostram preferência pelas novas vias neurais estabelecidas ou seja, eles param de utilizar os caminhos associados aos sintomas psiquiátricos. Resumidamente, a EMT estimula áreas específicas do cérebro levando à alteração nos  padrões cerebrais disfuncionais associados à depressão para proporcionar alívio e quebrar o ciclo da depressão.